Die Unterstützung für die PHP-CGI-Version ist unter Tomcat eher mau. Das PhpServlet von Hans Joachim Herbertz verbessert die Situation deutlich.
Wer PHP-Skripte unter Tomcat zum Laufen bringen will, sollte PhpServlet unbedingt ausprobieren. Es unterstützt die CGI-Schnittstelle und hat auch keine Probleme mit File-Uploads.