Es hat zwar nichts mit JSR223 zu tun, aber mich erreichten Nachfragen wegen der Fehlermeldung "No input file specified" beim Einsatz von PHP-CGI unter Tomcat.
Diese Fehlermeldung stammt von PHP, nicht von Tomcat! Meistens liegt ein Konfigurationsfehler vor oder eine spezielle Konfiguration, die es zu beachten gilt. Eine Reihe von Ursachen und möglichen Lösungen findet sich dazu im PHP-Manual, insbesondere die Kommentare sollte man aufmerksam lesen.
Sicherheit/CGI-Version - http://www.php.net/security.cgi-bin